構いません。
業種によってはわざわざ事務所などを別途設ける必要がない場合も多いと思います。
その場合には自宅を本店として登記する方もいらっしゃいます。

ただし、自宅が賃貸の場合には、本店として登記しても良いかを事前に確認してください。
賃貸借契約書に住居用以外の使用を認めていないという記載がある場合には、事前に大家さんや管理会社に了承を得ておく必要があります。